La hidrografía de Tocaima, con excepción de las quebradas Grande y El Tabaco que vierten sus aguas al Río Seco, pertenece a la cuenca del río Bogotá que parte en dos al territorio. A él confluyen las quebradas de Acuatá, Cachimbula, Puná, Isná, La Ardita, Catarnica, y otras menores como San Juanito y La Honda. Otras quebradas de menor caudal son: La Jaramilla, La Mojana, Agua Fría, San Pablo, El Salitre y Santa Rosa. En Copó, las quebradas Grande y El Tabaco, vierten sus aguas al Río Seco. En la mayoría de las veredas, existen nacederos de agua, algunos de los cuales se han secado por la deforestación abusiva del hombre. El río Bogotá vierte sus aguas al río Magdalena en Girardot.

Los principales nacederos con tradición terapéutica son: Los Pocitos Azufrados y el Gran Pozo Azufrado en la vereda de Acuatá y termales de El Hervidero en la vereda El Asomadero. Tropicana, Catarnica y Santa Lucía en la vereda Guacaná y El Nolial en la vereda Catarnica.