Numerosos animales conforman la fauna tocaimuna: Aves como garzas, águila, gavilán, perdiz, paloma, nalguiblanca, tórtola, carpintero, lorito, periquito, lechuza, colibrí, cardenal, santa maría, cuervo, cucarachero, cuclillo entre otros; mamíferos escasos como venados y algunos carnívoros y roedores; reptiles algunas babillas en el río Bogotá, serpientes y lagartos. Sin embargo, la destrucción de los montes, la depredación de los cazadores y la contaminación del Río Bogotá, han llevado a muchas de estas especies a niveles muy bajos en cantidad y diversidad.

La flora, disminuida por la deforestación, presenta árboles como Algarrobo, Aromo, Arrayán, Cámbulo, Caracolí. Carreto, Cauchos, Cedro, Ceiba, Ciruelo, Cumulá, Chicala, Dinde, Diomate, Garrapato, Guácimo, Guamo, Gurumo, Guayabo, Higuerón, Jagua, Totumo, Uñegato, Jobo, Mamoncillo, Matarratón; palmas, como Palma amarga, Palma de cuesco y arbustos como Cadillo, Guacimillo, Mirto, Pringamosa, Santamaría, Anamú, Batatilla, Dormidera, Guadua, Cadillo, entre otros.